Identification of key genes involved in the development and progression of early-onset colorectal cancer by co-expression network analysis.

تحديد الجينات الرئيسية المشاركة في نشوء وتطور سرطان القولون والمستقيم مبكر البدء من خلال تحليل شبكة التعبير المشترك.

Clicks: 356
ID: 76103
2020
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Emerging

Ranked #11 of 39 articles by views in oncology letters

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
A number of studies have revealed that there is an increasing incidence of early-onset colorectal cancer (CRC) in young adults (before the age of 50 years) and a progressive decline in CRC among older patients, after the age of 50 years (late-onset CRC). However, the etiology of early-onset CRC is not fully understood. The aim of the present study was to identify key genes associated with the development of early-onset CRC through weighted gene co-expression network analysis (WGCNA). The GSE39582 dataset was downloaded from the Gene Expression Omnibus database, and the data profiles of tissues from patients diagnosed before the age of 50 years were selected. The top 10,000 genes with the highest variability were used to construct the WGCNA. Hub genes were identified from the modules associated with clinical traits using gene significance >0.2 and module membership >0.8 as the cut-off criteria. Gene Ontology and pathway analyses were subsequently performed on the hub genes and a protein-protein interaction network (PPI) was constructed. The diagnostic value of module hub genes with a degree score >5 in the PPI network was verified in samples from patients with CRC diagnosed before the age of 50 years obtained from The Cancer Genome Atlas. Eight co-expressed gene modules were identified in the WGCNA and two modules (blue and turquoise) were associated with the tumor-node-metastasis stage. A total of 140 module hub genes were identified and found to be enriched in 'mitochondrial large ribosomal subunit', 'structural constituent of ribosome', 'poly (A) RNA binding', 'collagen binding', 'protein ubiquitination' and 'ribosome pathway'. Twenty-six module hub genes were found to have a degree score >5 in the PPI network, seven of which [secreted protein acidic and cysteine rich (SPARC), decorin (DCN), fibrillin 1 (FBN1), WW domain containing transcription regulator 1 (WWTR1), transgelin (TAGLN), DEAD-box helicase 28 (DDX28) and cold shock domain containing C2 (CSDC2)], had good prognostic values for patients with early-onset CRC, but not late-onset CRC. Therefore, SPARC, DCN, FBN1, WWTR1, TAGLN, DDX28 and CSDC2 may contribute to the development of early-onset CRC and may serve as potential diagnostic biomarkers.
كشفت عدة دراسات عن تزايد معدل حدوث سرطان القولون والمستقيم (CRC) مبكر البدء لدى البالغين الشباب (قبل سن 50 عاماً)، وتراجع تدريجي في حالات الإصابة بين المرضى الأكبر سناً، بعد سن 50 عاماً (سرطان القولون والمستقيم متأخر البدء). ومع ذلك، لا تزال المسببات المرضية لسرطان القولون والمستقيم مبكر البدء غير مفهومة تماماً. كان الهدف من هذه الدراسة هو تحديد الجينات الرئيسية المرتبطة بتطور سرطان القولون والمستقيم مبكر البدء من خلال تحليل شبكة التعبير المشترك الجيني الموزون (WGCNA). تم تنزيل مجموعة بيانات GSE39582 من قاعدة بيانات Gene Expression Omnibus، واختيرت ملامح بيانات الأنسجة المأخوذة من مرضى شُخصوا قبل سن 50 عاماً. واستُخدمت أعلى 10,000 جين من حيث التباين لبناء شبكة WGCNA. كما حُددت الجينات المحورية (Hub genes) من الوحدات النمطية المرتبطة بالسمات السريرية باستخدام معايير قطع تمثلت في دلالة جينية (gene significance) أكبر من 0.2 وعضوية للوحدة النمطية (module membership) أكبر من 0.8. وأُجريت لاحقاً تحليلات الوجوديات الجينية (Gene Ontology) والمسارات الحيوية على الجينات المحورية، كما تم بناء شبكة التفاعل بين البروتينات (PPI). تم التحقق من القيمة التشخيصية للجينات المحورية في الوحدات النمطية التي تزيد درجة اتصالها (degree score) عن 5 في شبكة PPI في عينات مرضى سرطان القولون والمستقيم الذين شُخصوا قبل سن 50 عاماً، والتي تم الحصول عليها من أطلس جينوم السرطان (The Cancer Genome Atlas). حُددت ثماني وحدات نمطية لجينات متزامنة التعبير في تحليل WGCNA، وارتبطت وحدتان نمطيتان (الزرقاء والفيروزية) بمرحلة الورم والعقد والنقائل (TNM). حُدد ما مجموعه 140 جيناً محورياً وتبين إثراؤها في "الوحدة الفرعية الكبيرة للريبوسوم الميتوكوندري"، و"المكون الهيكلي للريبوسوم"، و"الارتباط بالرنا عديد (A)"، و"الارتباط بالكولاجين"، و"يوبيكويتينية البروتين"، و"مسار الريبوسوم". وتبين أن 26 جيناً محورياً في الوحدات النمطية تمتلك درجة اتصال أكبر من 5 في شبكة PPI، سبعة منها [البروتين الإفرازي الحمضي والغني بالسيستئين (SPARC)، والديكورين (DCN)، والفيبريلين 1 (FBN1)، والمنظم النسخي المحتوي على نطاق WW 1 (WWTR1)، والترانسجيلين (TAGLN)، وهليكاز DEAD-box 28 (DDX28)، والبروتين المحتوي على نطاق صدمة البرد C2 (CSDC2)] أظهرت قيماً إنذارية جيدة للمرضى المصابين بسرطان القولون والمستقيم مبكر البدء، دون متأخر البدء. وعليه، قد تسهم الجينات SPARC وDCN وFBN1 وWWTR1 وTAGLN وDDX28 وCSDC2 في تطور سرطان القولون والمستقيم مبكر البدء، وقد تمثل مؤشرات حيوية تشخيصية محتملة.
Reference Key
mo2020identificationoncology Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Xiaoqiong Mo, Zexin Su, Bingsheng Yang, Zhirui Zeng, Shan Lei, Hui Qiao
Are you one of these authors? Claim your profile
Journal oncology letters
Year 2020
DOI
10.3892/ol.2019.11073
URL
Keywords
early-onset colorectal cancer hub gene tumor-node-metastasis stage weighted gene co-expression network

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.