MGIT-seq for the Identification of Nontuberculous Mycobacteria and Drug Resistance: a Prospective Study.

تقنية MGIT-seq لتحديد المتفطرات اللاسُلّية ومقاومة الأدوية: دراسة استباقية.

Clicks: 164
ID: 276655
2023
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Emerging

Ranked #80 of 85 articles by views in Journal of clinical microbiology

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Because nontuberculous mycobacterial pulmonary disease is a considerable health burden, a simple and clinically applicable analytical protocol enabling the identification of subspecies and drug-resistant disease is required to determine the treatment strategy. We aimed to develop a simplified workflow consisting only of direct sequencing of mycobacterial growth indicator tube cultures (MGIT-seq). In total, 138 patients were prospectively enrolled between April 2021 and May 2022, and culture-positive MGIT broths were subjected to sequencing using MinION, a portable next-generation sequencer. Sequence analysis was conducted to identify species using core genome multilocus sequence typing and to predict macrolide and amikacin (AMK) resistance based on previously reported mutations in , and (41). The results were compared to clinical tests for species identification and drug susceptibility. A total of 116 patients with positive MGIT cultures were included in the analysis. MGIT-seq yielded 99.1% accuracy in species-level identification and identified 98 isolates (84.5%) at the subspecies level. Macrolide and AMK resistance were detected in 19.4% and 1.9% of Mycobacterium avium complex (MAC) and Mycobacterium abscessus isolates. The predicted macrolide and AMK resistance was consistent with the results of conventional drug susceptibility tests, with specificities of 97.6% and 100.0%, respectively. Direct MGIT-seq has achieved comprehensive identification and drug resistance detection of nontuberculous mycobacteria, which could be applicable to determine the treatment strategy by a single test in clinical practice.
نظراً لأن مرض المتفطرات الرئوي اللاسلّي يشكل عبئاً صحياً كبيراً، فإن ثمة حاجة إلى بروتوكول تحليلي بسيط وقابل للتطبيق سريرياً يتيح تحديد النويعات والأمراض المقاومة للأدوية لتحديد استراتيجية العلاج. وقد هدَفنا إلى تطوير مسار عمل مبسط يقتصر فقط على تحديد التسلسل المباشر لمزارع أنابيب مؤشر نمو المتفطرات (MGIT-seq). وإجمالاً، أُدرج 138 مريضاً بصورة استباقية بين أبريل 2021 ومايو 2022، وأُخضعت مستنبتات مرق MGIT إيجابية المزرعة لتحديد التسلسل باستخدام MinION، وهو جهاز محمول لتسلسل الجيل التالي. وأُجري تحليل التسلسل لتحديد الأنواع باستخدام التنميط التسلسلي متعدد المواقع للجينوم الأساسي، وللتنبؤ بمقاومة الماكروليد والأميكاسين (AMK) استناداً إلى طفرات أُبلغ عنها سابقاً في ، و (41). وقُورنت النتائج بالاختبارات السريرية لتحديد الأنواع وحساسية الأدوية. وشمل التحليل ما مجموعه 116 مريضاً من ذوي مزارع MGIT الإيجابية. وحقق بروتوكول MGIT-seq دقة بلغت 99.1% في التحديد على مستوى النوع، كما حدد 98 عزلة (84.5%) على مستوى النويع. وكُشفت مقاومة الماكروليد والأميكاسين في 19.4% و1.9% من عزلات مُعقّد المتفطرة الطيرية (MAC) والمتفطرة الخراجية (Mycobacterium abscessus). وكان التنبؤ بمقاومة الماكروليد والأميكاسين متسقاً مع نتائج اختبارات الحساسية التقليدية للأدوية، بنوعية بلغت 97.6% و100.0% على التوالي. لقد حقق التسلسل المباشر MGIT-seq تحديداً شاملاً وكشفاً عن مقاومة الأدوية للمتفطرات اللاسلية، مما يجعله قابلاً للتطبيق لتحديد استراتيجية العلاج عبر فحص واحد في الممارسة السريرية.
Reference Key
fukushima2023mgitseqjournal Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Fukushima, Kiyoharu;Matsumoto, Yuki;Matsuki, Takanori;Saito, Haruko;Motooka, Daisuke;Komukai, Sho;Fukui, Eriko;Yamuchi, June;Nitta, Tadayoshi;Niitsu, Takayuki;Abe, Yuko;Nabeshima, Hiroshi;Nagahama, Yasuharu;Nii, Takuro;Tsujino, Kazuyuki;Miki, Keisuke;Kitada, Seigo;Kumanogoh, Atsushi;Akira, Shizuo;Nakamura, Shota;Kida, Hiroshi;
Journal Journal of clinical microbiology
Year 2023
DOI
e01626-22
URL
Keywords
multilocus sequence typing nontuberculous mycobacteria macrolide resistance

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.