reproducibility and reuse of adaptive immune receptor repertoire data

Clicks: 307
ID: 254510
2017
Free PDF
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Steady

Ranked #357 of 644 articles by views in sudebno-meditsinskaia ekspertiza

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 644 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
High-throughput sequencing (HTS) of immunoglobulin (B-cell receptor, antibody) and T-cell receptor repertoires has increased dramatically since the technique was introduced in 2009 (1–3). This experimental approach explores the maturation of the adaptive immune system and its response to antigens, pathogens, and disease conditions in exquisite detail. It holds significant promise for diagnostic and therapy-guiding applications. New technology often spreads rapidly, sometimes more rapidly than the understanding of how to make the products of that technology reliable, reproducible, or usable by others. As complex technologies have developed, scientific communities have come together to adopt common standards, protocols, and policies for generating and sharing data sets, such as the MIAME protocols developed for microarray experiments. The Adaptive Immune Receptor Repertoire (AIRR) Community formed in 2015 to address similar issues for HTS data of immune repertoires. The purpose of this perspective is to provide an overview of the AIRR Community’s founding principles and present the progress that the AIRR Community has made in developing standards of practice and data sharing protocols. Finally, and most important, we invite all interested parties to join this effort to facilitate sharing and use of these powerful data sets (join@airr-community.org).
شهد التسلسل عالي الإنتاجية (HTS) لذخائر الغلوبولينات المناعية (مستقبلات الخلايا البائية، الأجسام المضادة) ومستقبلات الخلايا التائية تزايدًا هائلًا منذ استحداث هذه التقنية في عام 2009 (1–3). ويستكشف هذا النهج التجريبي نضج الجهاز المناعي التكيفي واستجابته للمستضدات، ومسببات الأمراض، والحالات المرضية بأدق التفاصيل، كما ينطوي على آفاق واعدة للغاية في التطبيقات التشخيصية والموجِّهة للعلاج. وغالبًا ما تنتشر التقنيات الحديثة بسرعة، وفي بعض الأحيان بوتيرة تفوق فهم كيفية جعل مخرجات هذه التقنية موثوقة، وقابلة لإعادة الإنتاج، وصالحة للاستخدام من قِبل الآخرين. ومع تطور التقنيات المعقدة، تضافرت جهود المجتمعات العلمية لاعتماد معايير وبروتوكولات وسياسات مشتركة لتوليد مجموعات البيانات ومشاركتها، على غرار بروتوكولات MIAME التي طُوِّرت لتجارب المصفوفات الدقيقة. وتأسس مجتمع ذخائر مستقبلات المناعة التكيفية (AIRR) في عام 2015 لمعالجة قضايا مماثلة تخص بيانات التسلسل عالي الإنتاجية للذخائر المناعية. ويتمثل الهدف من هذا المنظور في تقديم نظرة عامة على المبادئ التأسيسية لمجتمع AIRR، واستعراض التقدم الذي أحرزه في تطوير معايير الممارسة وبروتوكولات مشاركة البيانات. وأخيرًا، وهو الأهم، ندعو جميع الأطراف المعنية إلى الانضمام إلى هذا المسعى لتيسير مشاركة مجموعات البيانات القيّمة هذه واستخدامها (join@airr-community.org).
Reference Key
breden2017frontiersreproducibility Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Felix Breden, Eline T. Luning Prak, Bjoern Peters, Florian Rubelt, Chaim A. Schramm, Christian E. Busse, Jason A. Vander Heiden, Scott Christley, Syed Ahmad Chan Bukhari, Adrian Thorogood, Frederick A. Matsen IV, Yariv Wine, Uri Laserson, David Klatzmann, Daniel C. Douek, Marie-Paule Lefranc, Andrew M. Collins, Tania Bubela, Steven H. Kleinstein, Corey T. Watson, Lindsay G. Cowell, Jamie K. Scott, Thomas B. Kepler
Are you one of these authors? Claim your profile
Journal sudebno-meditsinskaia ekspertiza
Year 2017
DOI
10.3389/fimmu.2017.01418
URL
http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fimmu.2017.01418/full
Keywords
data sharing immunogenetics allergy high-throughput sequencingimmunologic diseases

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.