Distinct but Intertwined Evolutionary Histories of Multiple Salmonella enterica Subspecies.

é responsável por muitas infecções de origem alimentar não tifoídicas e pela febre entérica (tifoide) em humanos. Das duas espécies de , é altamente diversa e inclui 10 subespécies conhecidas e aproximadamente 2.600 sorotipos. Compreender os processos evolutivos que geram a enorme diversidade em é importante para reduzir e controlar a incidência de surtos de doenças e a emergência de cepas virulentas. Neste estudo, temos como objetivo elucidar o impacto da recombinação homóloga na diversificação das subespécies de . Utilizando um conjunto de dados de 926 genomas de previamente publicados, representando as 10 subespécies de e , calculamos um pangenoma abrangendo todo o gênero, composto por 84.041 genes, e o pangenoma de , constituído por 81.371 genes. O tamanho dos genomas acessórios varia entre 12.429 genes em subsp. (subsp. IIIa) e 33.257 genes em subsp. (subsp. I). Um total de 12.136 genes no pangenoma de apresenta evidências de recombinação, representando 14,44% do pangenoma. Identificamos *hotspots* genômicos de recombinação que incluem genes associados à flagelina e à síntese de metionina e pirofosfato de tiamina, os quais sabidamente influenciam a adaptação ao hospedeiro e a virulência. Por fim, revelamos uma heterogeneidade intraespecífica nas taxas de recombinação e trocas genéticas preferenciais entre determinadas cepas doadoras e receptoras. A recombinação frequente, porém enviesada, no âmbito de uma espécie bacteriana pode sugerir que as linhagens variam em sua resposta à pressão de seleção ambiental. Certas linhagens, como as subespécies não- mais incomuns (não- subsp. ), também podem atuar como um importante reservatório de diversidade genética para a população mais ampla. é um importante patógeno de origem alimentar, que pode ser transmitido por meio de várias vias distintas a partir de animais e fontes ambientais para hospedeiros humanos. Múltiplas subespécies e sorotipos de apresentam diferenças consideráveis quanto à virulência, especificidade de hospedeiro e colonização. Este estudo fornece perspectivas detalhadas sobre a dinâmica da recombinação e suas contribuições para a evolução das subespécies de . A recombinação amplamente disseminada no âmbito da espécie indica que novas adaptações que surgem em uma linhagem podem ser rapidamente transferidas para outra. Prevemos, portanto, que a recombinação tem sido um fator crucial na emergência de diversas cepas de grande relevância patogênica a partir de contextos genômicos diversos, bem como em sua capacidade de se adaptar a ambientes díspares.