Genome wide association study of 5 agronomic traits in olive (Olea europaea L.).

دراسة الارتباط على مستوى الجينوم الكامل لخمس صفات زراعية في الزيتون (Olea europaea L.).

Clicks: 423
ID: 78914
2019
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Steady

Ranked #125 of 1,628 articles by views in Scientific reports

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 1,628 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Olive (Olea europaea L.) is one of the most economically and historically important fruit crops worldwide. Genetic progress for valuable agronomic traits has been slow in olive despite its importance and benefits. Advances in next generation sequencing technologies provide inexpensive and highly reproducible genotyping approaches such as Genotyping by Sequencing, enabling genome wide association study (GWAS). Here we present the first comprehensive GWAS study on olive using GBS. A total of 183 accessions (FULL panel) were genotyped using GBS, 94 from the Turkish Olive GenBank Resource (TOGR panel) and 89 from the USDA-ARS National Clonal Germplasm Repository (NCGR panel) in the USA. After filtering low quality and redundant markers, GWAS was conducted using 24,977 SNPs in FULL, TOGR and NCGR panels. In total, 52 significant associations were detected for leaf length, fruit weight, stone weight and fruit flesh to pit ratio using the MLM_K. Significant GWAS hits were mapped to their positions and 19 candidate genes were identified within a 10-kb distance of the most significant SNP. Our findings provide a framework for the development of markers and identification of candidate genes that could be used in olive breeding programs.
يُعدّ الزيتون (*Olea europaea* L.) أحد أهم محاصيل الفاكهة من الناحيتين الاقتصادية والتاريخية على مستوى العالم. وقد اتسم التقدم الوراثي للصفات الزراعية القيّمة في الزيتون بالبطء على الرغم من أهميته وفوائده. وتوفر التطورات في تقنيات تسلسل الجيل القادم نُهجاً غير مكلفة وعالية الموثوقية للتنميط الجيني، مثل التنميط الجيني بالتسلسل (GBS)، مما يتيح إجراء دراسات الارتباط على مستوى الجينوم الكامل (GWAS). نُقدّم هنا أول دراسة ارتباط شاملة على مستوى الجينوم الكامل للزيتون باستخدام تقنية GBS؛ حيث تم تنميط 183 مدخلاً وراثياً (المجموعة الكاملة FULL) جينياً باستخدام هذه التقنية، شملت 94 مدخلاً من موارد بنك الجينات التركي للزيتون (مجموعة TOGR) و89 مدخلاً من المستودع الوطني للأصول الوراثية الخضرية التابع لهيئة البحوث الزراعية بوزارة الزراعة الأمريكية (مجموعة NCGR) في الولايات المتحدة. وبعد تصفية المعلمات الوراثية منخفضة الجودة والفائضة، أُجريت دراسة GWAS باستخدام 24,977 موقعاً من مواقع تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) في المجموعات FULL وTOGR وNCGR. وإجمالاً، تم رصد 52 ارتباطاً معنوياً لصفات طول الورقة، ووزن الثمرة، ووزن النواة، ونسبة لب الثمرة إلى النواة باستخدام نموذج MLM_K. كما تم تعيين مواقع إشارات GWAS ذات الدلالة الإحصائية، وتحديد 19 جيناً مرشحاً تقع على مسافة 10 كيلوباز (kb) من أكثر مواقع SNP دلالة. وتوفر نتائجنا إطاراً لتطوير المعلمات وتحديد الجينات المرشحة التي يمكن استخدامها في برامج تربية الزيتون وتحسينه.
Reference Key
kaya2019genomescientific Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Hilal Betul Kaya, Deniz Akdemir, Roberto Lozano, Oznur Cetin, Hulya Sozer Kaya, Mustafa Sahin, Jenny L Smith, Bahattin Tanyolac, Jean-Luc Jannink
Are you one of these authors? Claim your profile
Journal Scientific reports
Year 2019
DOI
10.1038/s41598-019-55338-w
URL
Keywords
outcome treatment myasthenia gravis refractory disease

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.