Endoplasmic reticulum retention signaling and transmembrane channel proteins predicted for oilseed ω3 fatty acid desaturase 3 (FAD3) genes.

إشارات الاستبقاء في الشبكة الإندوبلازمية وبروتينات القنوات عبر الغشائية المُتنبأ بها لجينات نازعة تشبع الأحماض الدهنية أوميغا-3 (FAD3) في البذور الزيتية.

Clicks: 428
ID: 76969
2019
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Emerging

Ranked #2 of 22 articles by views in functional & integrative genomics

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Oilseed crop oils contain a variety of unsaturated fatty acids that are synthesized and regulated by fatty acid desaturases (FADs). In this study, 14 FAD3 (ω3 desaturase) protein sequences from oilseeds are analyzed and presented through the application of several computational tools. The results indicated a close relationship between Brassica napus and Camelina sativa, as well as between Salvia hispanica and Perilla frutescens FAD3s, due to a high similarity in codon preferences in codon usage clusters and the phylogenetic tree. The cis-acting element results reveal that the seed-specific promoter region of BnFAD3 contains the critical conserved boxes such as HSE and ABRE, which are involved in responsiveness to heat stress and abscisic acid. The presence of the aforementioned conserved boxes may increase cold acclimation as well as tolerance to drought and high salinity. Omega(ω)3 desaturases contain a Skn-1 motif which is a cis-acting regulatory element required involved in endosperm development. In oilseed FAD3s, leucine is the most repeated amino acid in FAD3 proteins. The study conveyed that B. napus, Camelina sativa, Linum usitatissimum, Vernicia fordii, Gossypium hirsutum, S. hispanica, Cannabis sativa, and P. frutescens have retention signal KXKXX/XKXX at their c-terminus sites, which is one of the most important characteristics of FADs. Additionally, it was found that BnFAD3 is a transmembrane protein that can convert ω6 to ω3 fatty acids and may simultaneously act as a potassium ion channel in the ER.
تحتوي زيوت المحاصيل الزيتية على مجموعة متنوعة من الأحماض الدهنية غير المشبعة التي تُخلَّق وتُنظَّم بواسطة إنزيمات نازعة تشبع الأحماض الدهنية (FADs). وفي هذه الدراسة، جرى تحليل وعرض 14 تسلسلاً بروتينياً لإنزيم FAD3 (نازع تشبع أوميغا-3 / ω3 desaturase) من البذور الزيتية عبر تطبيق العديد من الأدوات الحاسوبية. وأشارت النتائج إلى وجود قرابة وثيقة بين إنزيمات FAD3 في كل من *Brassica napus* و*Camelina sativa*، وكذلك بين *Salvia hispanica* و*Perilla frutescens*، نظراً للتشابه الكبير في تفضيلات الكودونات ضمن مجموعات استخدام الكودونات وفي شجرة التطور السلالي. وكشفت نتائج عناصر التأثير المقرون (cis-acting elements) أن منطقة المحفز الخاصة بالبذور في *BnFAD3* تحتوي على الصناديق المحفوظة بالغة الأهمية مثل HSE وABRE، والتي تشارك في الاستجابة للإجهاد الحراري وحمض الأبسيسيك. وقد يؤدي وجود الصناديق المحفوظة المذكورة آنفاً إلى زيادة التأقلم مع البرودة، فضلاً عن تعزيز تحمل الجفاف والملوحة العالية. كما تحتوي إنزيمات نازعة تشبع أوميغا-3 (ω3) على نمط Skn-1، وهو عنصر تنظيمي مقترن (cis-acting) يشارك في تطور الإندوسبيرم (السويداء). وفي إنزيمات FAD3 للبذور الزيتية، يُعد الليوسين أكثر الأحماض الأمينية تكراراً في بروتينات FAD3. وأوضحت الدراسة أن نباتات *B. napus* و*Camelina sativa* و*Linum usitatissimum* و*Vernicia fordii* و*Gossypium hirsutum* و*S. hispanica* و*Cannabis sativa* و*P. frutescens* تمتلك إشارة استبقاء KXKXX/XKXX عند مواقع طرفها الكربوكسيلي (C-terminus)، والتي تُعد من أهم خصائص إنزيمات FADs. بالإضافة إلى ذلك، وُجد أن BnFAD3 هو بروتين عبر غشائي قادر على تحويل الأحماض الدهنية أوميغا-6 (ω6) إلى أوميغا-3 (ω3)، وقد يعمل في الوقت ذاته كقناة لأيونات البوتاسيوم في الشبكة الإندوبلازمية (ER).
Reference Key
soltani-gishini2019endoplasmicfunctional Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Soltani Gishini, Mohammad Fazel;Zebarjadi, Alireza;Abdoli-Nasab, Maryam;Jalali Javaran, Mokhtar;Kahrizi, Danial;Hildebrand, David;
Journal functional & integrative genomics
Year 2019
DOI
10.1007/s10142-019-00718-8
URL
Keywords
ion channel codon usage conserved histidine delta 15 desaturase retention signal

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.