High-resolution genome-wide expression analysis of single myofibers using SMART-Seq.

تحليل عالي الدقة للتعبير الجيني على مستوى الجينوم للألياف العضلية المفردة باستخدام تقنية SMART-Seq.

Clicks: 480
ID: 74327
2019
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Emerging

Ranked #9 of 174 articles by views in The Journal of biological chemistry

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 174 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Skeletal muscle is a heterogeneous tissue. Individual myofibers that make up muscle tissue exhibit variation in their metabolic and contractile properties. Although biochemical and histological assays are available to study myofiber heterogeneity, efficient methods to analyze the whole transcriptome of individual myofibers are lacking. Here, we report on a single-myofiber RNA-sequencing (smfRNA-Seq) approach to analyze the whole transcriptome of individual myofibers by combining single-fiber isolation with Switching Mechanism at 5' end of RNA Template (SMART) technology. Using smfRNA-Seq, we first determined the genes that are expressed in the whole muscle, including in nonmyogenic cells. We also analyzed the differences in the transcriptome of myofibers from young and old mice to validate the effectiveness of this new method. Our results suggest that aging leads to significant changes in the expression of metabolic genes, such as , and structural genes, such as , in myofibers. We conclude that smfRNA-Seq is a powerful tool to study developmental, disease-related, and age-related changes in the gene expression profile of skeletal muscle.
تُعدّ العضلة الهيكلية نسيجاً غير متجانس، حيث تُبدي الألياف العضلية الفردية التي تُشكّل النسيج العضلي تبايناً في خصائصها الأيضية والتقلصية. ورغم توافر المقايسات الكيميائية الحيوية والنسيجية لدراسة تباين الألياف العضلية، إلا أن هناك افتقاراً إلى طرائق فعالة لتحليل كامل الترانسكريبتوم (المجموع النسخي) للألياف العضلية الفردية. نُقدّم هنا نهجاً لتسلسل الحمض النووي الريبوزي للألياف العضلية الفردية (smfRNA-Seq) لتحليل كامل الترانسكريبتوم للألياف العضلية الفردية عبر الجمع بين عزل الليف المفرد وتقنية آلية التبديل عند الطرف '5 لقالب الحمض النووي الريبوزي (SMART). وباستخدام smfRNA-Seq، حددنا أولاً الجينات المُعَبَّر عنها في كامل العضلة، بما في ذلك الخلايا غير العضلية. كما قمنا بتحليل الاختلافات في ترانسكريبتوم الألياف العضلية بين الفئران الفتية والمسنة للتحقق من كفاءة هذه الطريقة الجديدة. وتُشير نتائجنا إلى أن التقدم في العمر يؤدي إلى تغيرات جوهرية في التعبير عن الجينات الأيضية، مثل ، والجينات البنيوية، مثل ، في الألياف العضلية. ونخلص إلى أن smfRNA-Seq تُعد أداة قوية لدراسة التغيرات النمائية، والمرتبطة بالأمراض، وتلك المرتبطة بالشيخوخة في نمط التعبير الجيني للعضلات الهيكلية.
Reference Key
blackburn2019highresolutionthe Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Blackburn, Darren M;Lazure, Felicia;Corchado, Aldo H;Perkins, Theodore J;Najafabadi, Hamed S;Soleimani, Vahab D;
Journal The Journal of biological chemistry
Year 2019
DOI
10.1074/jbc.RA119.011506
URL
Keywords
gene expression rna molecular biology muscle molecular cell biology smart-seq

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.