SWATH-based proteomics reveals processes associated with immune evasion and metastasis in poor prognosis colorectal tumours.

تكشف البروتيوميات القائمة على تقنية SWATH عن العمليات المرتبطة بالتهرب المناعي والانبثاث في أورام القولون والمستقيم ذات الإنذار السيئ.

Clicks: 515
ID: 55161
2019
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Steady

Ranked #3 of 31 articles by views in Journal of cellular and molecular medicine

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Newly emerged proteomic methodologies, particularly data-independent acquisition (DIA) analysis-related approaches, would improve current gene expression-based classifications of colorectal cancer (CRC). Therefore, this study was aimed to identify protein expression signatures using SWATH-MS DIA and targeted data extraction, to aid in the classification of molecular subtypes of CRC and advance in the diagnosis and development of new drugs. For this purpose, 40 human CRC samples and 7 samples of healthy tissue were subjected to proteomic and bioinformatic analysis. The proteomic analysis identified three different molecular CRC subtypes: P1, P2 and P3. Significantly, P3 subtype showed high agreement with the mesenchymal/stem-like subtype defined by gene expression signatures and characterized by poor prognosis and survival. The P3 subtype was characterized by decreased expression of ribosomal proteins, the spliceosome, and histone deacetylase 2, as well as increased expression of osteopontin, SERPINA 1 and SERPINA 3, and proteins involved in wound healing, acute inflammation and complement pathway. This was also confirmed by immunodetection and gene expression analyses. Our results show that these tumours are characterized by altered expression of proteins involved in biological processes associated with immune evasion and metastasis, suggesting new therapeutic options in the treatment of this aggressive type of CRC.
من شأن منهجيات البروتيوميات الحديثة، لا سيما المقاربات المرتبطة بتحليل الاستحواذ المستقل عن البيانات (DIA)، أن تُحسّن التصنيفات الحالية لسرطان القولون والمستقيم (CRC) القائمة على التعبير الجيني. لذلك، هدفت هذه الدراسة إلى تحديد بصمات التعبير البروتيني باستخدام تقنية SWATH-MS DIA واستخراج البيانات المستهدف، للمساعدة في تصنيف الأنماط الفرعية الجزيئية لسرطان القولون والمستقيم، وإحراز تقدم في التشخيص وتطوير أدوية جديدة. ولهذا الغرض، خضعت 40 عينة بشرية لسرطان القولون والمستقيم و7 عينات من أنسجة سليمة للتحليل البروتيومي والمعلوماتي الحيوي. وقد حدد التحليل البروتيومي ثلاثة أنماط فرعية جزيئية مختلفة لسرطان القولون والمستقيم: P1 وP2 وP3. وبشكل ملحوظ، أظهر النمط الفرعي P3 توافقاً كبيراً مع النمط الفرعي الوسيطي/الشبيه بالخلايا الجذعية (mesenchymal/stem-like) المحدد بواسطة بصمات التعبير الجيني، والمتميز بسوء الإنذار وانخفاض معدلات البقاء على قيد الحياة. تميز النمط الفرعي P3 بانخفاض تعبير البروتينات الريبوزومية، وجسيم التضفير (spliceosome)، ونزع أسيتيل الهيستون 2 (histone deacetylase 2)، بالإضافة إلى زيادة تعبير الأوستيوبونتين (osteopontin)، وSERPINA 1، وSERPINA 3، والبروتينات المشاركة في التئام الجروح، والالتهاب الحاد، ومسار المتممة. وقد تم تأكيد ذلك أيضاً من خلال تحاليل الكشف المناعي والتعبير الجيني. تُظهر نتائجنا أن هذه الأورام تتميز بتغير في تعبير البروتينات المشاركة في العمليات الحيوية المرتبطة بالإفلات المناعي والانبثاث، مما يشير إلى خيارات علاجية جديدة في معالجة هذا النمط العدواني من سرطان القولون والمستقيم.
Reference Key
lpezsnchez2019swathbasedjournal Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors López-Sánchez, Laura M;Jiménez-Izquierdo, Rafael;Peñarando, Jon;Mena, Rafael;Guil-Luna, Silvia;Toledano, Marta;Conde, Francisco;Villar, Carlos;Díaz, César;Ortea, Ignacio;De la Haba-Rodríguez, Juan R;Aranda, Enrique;Rodríguez-Ariza, Antonio;
Journal Journal of cellular and molecular medicine
Year 2019
DOI
10.1111/jcmm.14693
URL
Keywords
Proteomics metastasis colorectal cancer immune evasion mesenchymal swath

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.