Translational genomics for achieving higher genetic gains in groundnut

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2020
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Abstract
Key message Groundnut has entered now in post-genome era enriched with optimum genomic and genetic resources to facilitate faster trait dissection, gene discovery and accelerated genetic improvement for developing climate-smart varieties. Abstract Cultivated groundnut or peanut ( Arachis hypogaea ), an allopolyploid oilseed crop with a large and complex genome, is one of the most nutritious food. This crop is grown in more than 100 countries, and the low productivity has remained the biggest challenge in the semiarid tropics. Recently, the groundnut research community has witnessed fast progress and achieved several key milestones in genomics research including genome sequence assemblies of wild diploid progenitors, wild tetraploid and both the subspecies of cultivated tetraploids, resequencing of diverse germplasm lines, genome-wide transcriptome atlas and cost-effective high and low-density genotyping assays. These genomic resources have enabled high-resolution trait mapping by using germplasm diversity panels and multi-parent genetic populations leading to precise gene discovery and diagnostic marker development. Furthermore, development and deployment of diagnostic markers have facilitated screening early generation populations as well as marker-assisted backcrossing breeding leading to development and commercialization of some molecular breeding products in groundnut. Several new genomics applications/technologies such as genomic selection, speed breeding, mid-density genotyping assay and genome editing are in pipeline. The integration of these new technologies hold great promise for developing climate-smart, high yielding and more nutritious groundnut varieties in the post-genome era.
**Kernaussage** Die Erdnuss ist nun in die postgenomische Ära eingetreten, ausgestattet mit optimalen genomischen und genetischen Ressourcen, um eine schnellere Merkmalsaufklärung, Genentdeckung und eine beschleunigte genetische Verbesserung für die Entwicklung klimaintelligenter Sorten zu ermöglichen. **Abstract** Die kultivierte Erdnuss (*Arachis hypogaea*), eine allopolyploide Ölpflanze mit einem großen und komplexen Genom, gehört zu den nährstoffreichsten Nahrungsmitteln. Diese Nutzpflanze wird in mehr als 100 Ländern angebaut, wobei die geringe Produktivität in den semiariden Tropen nach wie vor die größte Herausforderung darstellt. In jüngster Zeit verzeichnete die Erdnussforschungsgemeinschaft rasche Fortschritte und erreichte mehrere entscheidende Meilensteine in der Genomforschung. Dazu gehören Genomsequenz-Assemblierungen wilder diploider Vorläufer, einer wilden tetraploiden Art sowie beider Unterarten kultivierter Tetraploider, die Resequenzierung diverser Keimplasmalinien, ein genomweiter Transkriptomatlas und kosteneffiziente Genotypisierungs-Assays hoher und niedriger Dichte. Diese genomischen Ressourcen haben eine hochauflösende Merkmalskartierung mithilfe von Keimplasma-Diversitätspanels und genetischen Multiparent-Populationen ermöglicht, was zu einer präzisen Genentdeckung und der Entwicklung diagnostischer Marker führte. Darüber hinaus haben die Entwicklung und der Einsatz diagnostischer Marker das Screening von Populationen früher Generationen sowie die markergestützte Rückkreuzungszüchtung erleichtert, was zur Entwicklung und Kommerzialisierung erster molekularer Züchtungsprodukte bei der Erdnuss beigetragen hat. Mehrere neue genomische Anwendungen und Technologien wie die genomische Selektion, Speed Breeding, Genotypisierungs-Assays mittlerer Dichte (Mid-Density) und Genomeditierung befinden sich in der Entwicklung. Die Integration dieser neuen Technologien birgt großes Potenzial für die Züchtung klimaintelligenter, ertragreicher und nährstoffreicherer Erdnusssorten in der postgenomischen Ära.
Reference Key
m2020translationalgenomic Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors M. Pandey; A. Pandey; Rakesh Kumar; Chogozie Victor Nwosu; B. Guo; G. Wright; R. Bhat; Xiaoping Chen; S. K. Bera; M. Yuan; Huifang Jiang; I. Faye; T. Radhakrishnan; Xingjun Wang; Xuanquiang Liang; Boshou Liao; Xinyou Zhang; R. Varshney; W. Zhuang
Journal theoretical and applied genetics
Year 2020
DOI
10.1007/s00122-020-03592-2
URL
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