La présente étude était basée sur les observations et les captures de reptiles dans du Saharaa septentrional algérien (2011-2013). Trente stations homogènes, représentant les principales unités paysagères des écosystèmes, ont été étudiées. Les écosystèmes étudiés l'erg (dunes de sable), les zones salines (Chott, Sebkha), le reg, les palmeraies et les sites urbains. Nous avons identifié 30 espèces (20 Sauriens, 9 Ophidiens et une Testudine). L'inventaire concerne 2ordres (Testudines et Squamata), 12 familles et 22 genres. Parmi les espèces identifiées, sept étaient protégées en Algérie, 5 espèces (Tarentola deserti, Tarentola neglecta, Trapelus tournevillei, Hemorrhois algirus et Natrix Maura) sont endémiques selon l'U.I.C.N. Le nombre d'espèces dans les différentes catégories de la Liste rouge de l'UICN montre que 28 sont évaluées comme Préoccupation mineure, une espèce est considérée comme insuffisante en données (Scincopus fasciatus) et une espèce est répertoriée comme quasi menacée (Uromastix acanthinurus). La répartition des espèces selon les types d'habitats a montré que l'erg était l'écosystème le plus peuplé avec le plus grand nombre d'individus capturés (403 individus). La plus grande richesse en espèces a été observée dans les palmeraies avec 19 espèces ainsi que l'indice de diversité de Shannon (3,34). La régularité est à son maximum dans le salin et le site urbain avec 0,89 et 0,81. L'analyse factorielle des correspondances a montré que certaines espèces étaient caractéristiques d'habitats tels que Tarentola neglecta et T. deserti qui sont détectés comme une espèce spécifique des sites urbains et des palmeraies, tandis que Scincus était une espèce spécifique de l'Erg. Le modèle linéaire généralisé a montré que les coordonnées géographiques (altitude, longitude et latitude), les facteurs spatio-temporels (type d'habitat; période climatique) et la pression humaine ont des effets significatifs sur la variation d'abondance des reptiles étudiés.