FlyWire: online community for whole-brain connectomics.

Clicks: 335
ID: 275004
2022
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Emerging

Ranked #11 of 61 articles by views in Nature Methods

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Due to advances in automated image acquisition and analysis, whole-brain connectomes with 100,000 or more neurons are on the horizon. Proofreading of whole-brain automated reconstructions will require many person-years of effort, due to the huge volumes of data involved. Here we present FlyWire, an online community for proofreading neural circuits in a Drosophila melanogaster brain and explain how its computational and social structures are organized to scale up to whole-brain connectomics. Browser-based three-dimensional interactive segmentation by collaborative editing of a spatially chunked supervoxel graph makes it possible to distribute proofreading to individuals located virtually anywhere in the world. Information in the edit history is programmatically accessible for a variety of uses such as estimating proofreading accuracy or building incentive systems. An open community accelerates proofreading by recruiting more participants and accelerates scientific discovery by requiring information sharing. We demonstrate how FlyWire enables circuit analysis by reconstructing and analyzing the connectome of mechanosensory neurons.
نظرًا للتقدم المحرز في التقاط الصور وتحليلها آليًا، أصبحت المخططات الاتصالية العصبية لكامل الدماغ، والتي تضم 100,000 عصبون أو أكثر، وشيكة التحقق. وسيتطلب تدقيق عمليات إعادة البناء الآلية لكامل الدماغ جهودًا تعادل سنوات عمل بشرية عديدة، وذلك نظرًا للحجم الهائل للبيانات المعنية. ونقدم هنا "فلاي واير" (FlyWire)، وهو مجتمع عبر الإنترنت مخصص لتدقيق الدوائر العصبية في دماغ ذبابة الفاكهة (Drosophila melanogaster)، ونوضح كيفية تنظيم بنيتيه الحاسوبية والاجتماعية للتوسع بما يلبي متطلبات علم الاتصال العصبي لكامل الدماغ. ويتيح التقسيم التفاعلي ثلاثي الأبعاد القائم على المتصفح، من خلال التحرير التشاركي لمخطط الفوكسلات الفائقة (supervoxel graph) المقسمة مكانيًا، إمكانية توزيع مهمة التدقيق على أفراد يتواجدون عمليًا في أي مكان حول العالم. كما يمكن الوصول برمجياً إلى المعلومات المسجلة في سجل التعديلات لأغراض متعددة، مثل تقدير دقة التدقيق أو بناء أنظمة تحفيزية. ويسهم المجتمع المفتوح في تسريع وتيرة التدقيق عبر استقطاب المزيد من المشاركين، فضلاً عن تسريع وتيرة الاكتشاف العلمي من خلال اشتراط مشاركة المعلومات. وأخيرًا، نبيّن كيف يمكّن "فلاي واير" من تحليل الدوائر العصبية عبر إعادة بناء وتحليل المخطط الاتصالي للعصبونات الحسية الميكانيكية.
Reference Key
dorkenwald2022flywirenature Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Sven Dorkenwald, Claire E McKellar, Thomas Macrina, Nico Kemnitz, Kisuk Lee, Ran Lu, Jingpeng Wu, Sergiy Popovych, Eric Mitchell, Barak Nehoran, Zhen Jia, J Alexander Bae, Shang Mu, Dodam Ih, Manuel Castro, Oluwaseun Ogedengbe, Akhilesh Halageri, Kai Kuehner, Amy R Sterling, Zoe Ashwood, Jonathan Zung, Derrick Brittain, Forrest Collman, Casey Schneider-Mizell, Chris Jordan, William Silversmith, Christa Baker, David Deutsch, Lucas Encarnacion-Rivera, Sandeep Kumar, Austin Burke, Doug Bland, Jay Gager, James Hebditch, Selden Koolman, Merlin Moore, Sarah Morejohn, Ben Silverman, Kyle Willie, Ryan Willie, Szi-Chieh Yu, Mala Murthy, H Sebastian Seung
Are you one of these authors? Claim your profile
Journal Nature Methods
Year 2022
DOI
10.1038/s41592-021-01330-0
URL
Keywords
lynch syndrome cancer predisposition hereditary colorectal cancer pold1 gene ppap syndrome

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.