development and evaluation of quality metrics for bioinformatics analysis of viral insertion site data generated using high throughput sequencing

تطوير وتقييم مقاييس الجودة للتحليل المعلوماتي الحيوي لبيانات مواقع الإدخال الفيروسي المُوَلَّدة باستخدام التسلسل عالي الإنتاجية

Clicks: 171
ID: 244816
2014
Free PDF
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Popular

Ranked #36 of 37 articles by views in journal of healthcare engineering

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Integration of viral vectors into a host genome is associated with insertional mutagenesis and subjects in clinical gene therapy trials must be monitored for this adverse event. Several PCR based methods such as ligase-mediated (LM) PCR, linear-amplification-mediated (LAM) PCR and non-restrictive (nr) LAM PCR were developed to identify sites of vector integration. Coupling the power of next-generation sequencing technologies with various PCR approaches will provide a comprehensive and genome-wide profiling of insertion sites and increase throughput. In this bioinformatics study, we aimed to develop and apply quality metrics to viral insertion data obtained using next-generation sequencing. We developed five simple metrics for assessing next-generation sequencing data from different PCR products and showed how the metrics can be used to objectively compare runs performed with the same methodology as well as data generated using different PCR techniques. The results will help researchers troubleshoot complex methodologies, understand the quality of sequencing data, and provide a starting point for developing standardization of vector insertion site data analysis.
يرتبط اندماج النواقل الفيروسية في جينوم المضيف بالتطفير الإقحامي، مما يفرض ضرورة مراقبة المشاركين في التجارب السريرية للعلاج الجيني لرصد هذا الحدث الضائر. وقد طُوِّرت عدة طرق قائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، مثل تفاعل البوليميراز المتسلسل بتوسط الليغاز (LM-PCR)، وتفاعل البوليميراز المتسلسل بتوسط التضخيم الخطي (LAM-PCR)، وتفاعل البوليميراز المتسلسل بتوسط التضخيم الخطي غير التقييدي (nr-LAM PCR)، لتحديد مواقع اندماج النواقل. إن الجمع بين قدرات تقنيات تسلسل الجيل القادم والأساليب المختلفة لتفاعل البوليميراز المتسلسل سيوفر توصيفًا شاملًا لمواقع الإقحام على مستوى الجينوم بأكمله مع زيادة الإنتاجية التحليلية. ونهدف في هذه الدراسة الحوسبية الحيوية إلى تطوير مقاييس للجودة وتطبيقها على بيانات الإقحام الفيروسي المُستقاة باستخدام تسلسل الجيل القادم. حيث قمنا بتطوير خمسة مقاييس بسيطة لتقييم بيانات تسلسل الجيل القادم المستمدة من نواتج PCR مختلفة، وبيّنّا كيفية استخدام هذه المقاييس للمقارنة الموضوعية بين دورات التحليل المُجراة بالمنهجية ذاتها، فضلًا عن البيانات المُولَّدة باستخدام تقنيات PCR متباينة. ستُسهم هذه النتائج في مساعدة الباحثين على استكشاف مشكلات المنهجيات المعقدة وحلها، وفهم جودة بيانات التسلسل، فضلًا عن توفير نقطة انطلاق لوضع معايير قياسية موحدة لتحليل بيانات مواقع إقحام النواقل.
Reference Key
gao2014biomedicinesdevelopment Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Hongyu Gao, Troy Hawkins, Aparna Jasti, Yu-Hsiang Chen, Keithanne Mockaitis, Mary Dinauer, Kenneth Cornetta
Are you one of these authors? Claim your profile
Journal journal of healthcare engineering
Year 2014
DOI
10.3390/biomedicines2020195
URL
http://www.mdpi.com/2227-9059/2/2/195
Keywords Keywords not found

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.