บทคัดย่อ ภูมิหลัง พลวัตของเมทิเลชันในดีเอ็นเอของฮิวแมนแพปพิลโลมาไวรัสสายพันธุ์ 16 (HPV 16) เชื่อว่ามีความสัมพันธ์กับการดำเนินของรอยโรคปากมดลูก การศึกษาก่อนหน้านี้ที่ไม่ได้คำนึงถึงสถานะทางกายภาพของ HPV 16 อาจระบุแผนที่เมทิลโลม (methylome) ของ HPV 16 คลาดเคลื่อน เพื่อระบุตัวบ่งชี้ทางชีวภาพที่น่าเชื่อถือสำหรับมะเร็งปากมดลูกชนิดสเควมัส (SCC) คณะผู้วิจัยจึงได้ประเมินเมทิเลชันของ HPV 16 อย่างครอบคลุมโดยอิงตามอุบัติการณ์การแทรกตัว (integration) ของแต่ละตัวอย่าง วิธีการศึกษา อาศัยสถานะการแทรกตัวของผู้ป่วยติดเชื้อ HPV 16 จำนวน 115 ราย (SCC 50 ราย, รอยโรคในเยื่อบุผิวสเควมัสระดับสูง [HSIL] 30 ราย และรอยโรคในเยื่อบุผิวสเควมัสระดับต่ำ [LSIL] 35 ราย) รวมถึงสายเซลล์ Caski ที่ติดเชื้อ HPV 16 จากการตรวจหาลำดับเบสของแพปพิลโลมาไวรัสที่แทรกตัวด้วยวิธี PCR คณะผู้วิจัยได้ออกแบบชุดไพรเมอร์ที่ไม่ได้รับผลกระทบจากจุดแตกหัก (breakpoints) สำหรับการตรวจวัดเมทิเลชันของจีโนมด้วยวิธี High-Resolution Melting (HRM) PCR ผลการศึกษา พบสองสามบริเวณที่มีการหยุดชะงักซ้ำ ๆ ในยีน E1, E2/E4, L1 และ L2 แม้ว่าจุดแตกหักจะกระจายตัวอยู่ทั่วยีนทั้งแปดของ HPV 16 ก็ตาม ตำแหน่งการแทรกตัวที่พบบ่อยมักเกิดขึ้นร่วมกับตำแหน่ง CpG ที่เกิดเมทิเลชัน วิธี HRM PCR มีความสอดคล้องกับวิธีไพโรซีเควนซิง (pyrosequencing) 100% เมื่อกำหนดค่าจุดตัด (cutoff value) ไว้ที่ 3% ทั้งนี้ แผงตำแหน่ง CpG เช่น nt5606, nt5609, nt5615 และ nt5378 สามารถนำมารวมกันในการคำนวณถ่วงน้ำหนักใหม่เพื่อจำแนกผู้ป่วย SCC ออกจาก HSIL และ LSIL ซึ่งให้ความไวและความจำเพาะสูง (88% และ 92.31% ตามลำดับ) บทสรุป งานวิจัยของเราแสดงให้เห็นว่าการรวมกันของตำแหน่ง CpG nt5606, nt5609, nt5615 และ nt5378 สามารถใช้เป็นตัวบ่งชี้ทางชีวภาพที่มีศักยภาพในการวินิจฉัย SCC ได้ และวิธี HRM PCR มีความเหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์เมทิเลชันในทางคลินิก

Özet Giriş: İnsan papillomavirüs (HPV) 16 DNA'sının dinamik metilasyonunun, servikal lezyonların ilerlemesiyle ilişkili olduğu düşünülmektedir. HPV 16'nın fiziksel durumunu dikkate almayan önceki çalışmalar, HPV 16 metilomlarını hatalı bir şekilde haritalamış olabilir. Skuamöz servikal kanser (SCC) için güvenilir biyobelirteçler tanımlamak amacıyla, her bir numunenin entegrasyon insidansına bağlı olarak HPV 16 metilasyonunu kapsamlı bir şekilde değerlendirdik. Yöntemler: Entegre papillomavirüs dizilerinin PCR ile tespiti yoluyla HPV 16 ile enfekte 115 hastanın (50 SCC, 30 yüksek dereceli skuamöz intraepitelyal lezyon [HSIL] ve 35 düşük dereceli skuamöz intraepitelyal lezyon [LSIL]) ve HPV 16 ile enfekte Caski hücre hatlarının entegrasyon durumuna dayanarak; genom metilasyonunu saptamak amacıyla yüksek çözünürlüklü erime (HRM) PCR yöntemi için kırılma noktalarından etkilenmeyecek bir dizi primer tasarladık. Bulgular: Kırılma noktalarının HPV 16'nın sekiz geninin tamamına dağılmış olmasına rağmen, E1, E2/E4, L1 ve L2'de tekrarlayan kesintilerin bulunduğu birkaç bölge tespit edildi. Sık görülen entegrasyon bölgeleri, sıklıkla metillenmiş CpG bölgeleri ile eşzamanlı olarak meydana geldi. HRM PCR yöntemi, eşik değer %3 olarak belirlendiğinde pirosekanslama ile %100 uyum gösterdi. nt5606, nt5609, nt5615 ve nt5378 gibi CpG bölgelerinden oluşan bir panel, yüksek duyarlılık ve özgüllükle (sırasıyla %88 ve %92,31) SCC'yi HSIL ve LSIL hastalarından ayırt etmek amacıyla yeniden ağırlıklandırma hesaplamalarında birleştirilebilir. Sonuçlar: Araştırmamız; nt5606, nt5609, nt5615 ve nt5378 CpG bölgelerinin kombinasyonunun SCC için potansiyel tanısal biyobelirteçler olarak kullanılabileceğini ve HRM PCR yönteminin klinik metilasyon analizi için uygun olduğunu göstermektedir.