universal insertion/deletion-enrich pcr

تفاعل البوليميراز المتسلسل الشامل لإثراء الإدراج/الحذف

Clicks: 435
ID: 175485
2011
Free PDF
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Steady

Ranked #13 of 196 articles by views in spermova

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 196 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Objective: Insertions and deletions (indels) are sometimes critical genetic events and can lead to various diseases. Identifying indel types by DNA sequencing is difficult and labor intensive. The sensitivity of DNA sequencing techniques such as Sanger’s direct sequencing, which broadly screens all types of microindels in predefined areas, is somewhat limited. Other techniques such as indel variant-specific primer sets are sensitive and specific, but are expensive, labor intensive, less efficient and only cover known indel variants. Materials and Methods: We report on the universal insertion/deletion-enrich PCR (Unindel-PCR) which has ultra-high sensitivity and can be used to screen for known and unknown indels in a predefined area. In brief, the Unindel-PCR consists of one forward, one reverse and one blocking primer. At very condition, blocking primer is superior to forward primer in recognizing the wild-type template and prevent nucleotide extension and wild-type amplification during PCR cycles. Conversely, forward primer is superior to blocking primer in recognizing the indel template and promote indel-type amplification during PCR cycles. Results: Unindel-PCR performs well in detecting any indels in a wild-type background. The sensitivity is 1% in Unindel-PCR and 0.01% in nested Unindel-PCR. The wild-type inhibition capacity of Unindel-PCR is 107. One thousand copies of deletion type plasmids are sufficient for detection by Unindel-PCR, whereas nested Unindel-PCR requires only 10 copies. Conclusion: Unidel-PCR will remold the capability of PCR-based genetic testing, especially in the field of cancer molecular diagnosis, infectious disease and identification of minor populations of alternative splicing variants of RNA transcribed.
الهدف: تُعد طفرات الإدخال والحذف (indels) في بعض الأحيان أحداثاً جينية حرجة، ويمكن أن تؤدي إلى الإصابة بأمراض مختلفة. ويُعد تحديد أنماط الإدخال والحذف عن طريق تسلسل الحمض النووي (DNA sequencing) أمراً صعباً ومضنياً. كما أن حساسية تقنيات تسلسل الحمض النووي، مثل تسلسل سانغر المباشر، الذي يقوم بالمسح الشامل لجميع أنواع الإدخالات والحذوفات الدقيقة (microindels) في مناطق محددة مسبقاً، محدودة نوعاً ما. أما التقنيات الأخرى، مثل مجموعات البادئات النوعية لمتغيرات الإدخال والحذف، فتتميز بالحساسية والنوعية، لكنها باهظة التكلفة، ومجهدة، وأقل كفاءة، وتقتصر على تغطية متغيرات الإدخال والحذف المعروفة فقط. المواد والطرائق: نُبلغ في هذه الدراسة عن تفاعل البوليميراز المتسلسل الشامل لإثراء الإدخال/الحذف (Unindel-PCR)، والذي يتمتع بحساسية فائقة ويمكن استخدامه لفحص طفرات الإدخال والحذف المعروفة وغير المعروفة في منطقة محددة مسبقاً. باختصار، يتكون تفاعل Unindel-PCR من بادئ أمامي واحد، وبادئ عكسي واحد، وبادئ حاصر واحد. وتحت مختلف الظروف، يتفوق البادئ الحاصر على البادئ الأمامي في التعرف على قالب النمط البري (wild-type)، ويمنع استطالة النيوكليوتيدات وتضخيم النمط البري أثناء دورات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR). وعلى النقيض من ذلك، يتفوق البادئ الأمامي على البادئ الحاصر في التعرف على قالب الإدخال/الحذف، مما يعزز تضخيم نمط الإدخال/الحذف أثناء دورات التفاعل. النتائج: يُحقق تفاعل Unindel-PCR أداءً جيداً في الكشف عن أي طفرات إدخال وحذف وسط خلفية من النمط البري. وتبلغ الحساسية 1% في تفاعل Unindel-PCR، و0.01% في تفاعل Unindel-PCR المتداخل (nested Unindel-PCR). وتصل قدرة تفاعل Unindel-PCR على تثبيط النمط البري إلى 10⁷. كما تُعد ألف نسخة من بلازميدات نمط الحذف كافية للكشف بواسطة Unindel-PCR، في حين لا يتطلب تفاعل Unindel-PCR المتداخل سوى 10 نسخ فقط. الاستنتاج: سيُعيد تفاعل Unindel-PCR تشكيل قدرات الاختبارات الجينية القائمة على تقنية PCR، لا سيما في مجال التشخيص الجزيئي للسرطان، والأمراض المعدية، وتحديد الجمهرات الثانوية لمتغيرات التضفير البديل (alternative splicing) للرنا (RNA) المنسوخ.
Reference Key
chen2011taiwaneseuniversal Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors ;Chi-Kuan Chen;Jr-Kai Huang
Journal spermova
Year 2011
DOI
10.1016/j.tjog.2011.10.017
URL
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1028455911001768
Keywords
EGFR indel

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.