carbapenem resistance in acinetobacter baumannii and other acinetobacter spp. causing neonatal sepsis: focus on ndm-1 and its linkage to isaba125

Clicks: 300
ID: 172639
2016
Free PDF
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Steady

Ranked #409 of 875 articles by views in journal of magnetic resonance (san diego, calif : 1997)

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 875 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Carbapenem-resistant determinants and their surrounding genetic structure were studied in Acinetobacter spp. from neonatal sepsis cases collected over 7 years at a tertiary care hospital. Acinetobacter spp. (n=68) were identified by ARDRA followed by susceptibility tests. Oxacillinases, metallo-β-lactamases (MBLs), extended-spectrum β-lactamases and AmpCs, were detected phenotypically and/or by PCR followed by sequencing. Transconjugants possessing the blaNDM-1 (New Delhi metallo-β-lactamases) underwent further analysis for plasmids, integrons and associated genes. Genetic environment of the carbapenemases were studied by PCR mapping and sequencing. Multivariate logistic regression was used to identify risk factors for sepsis caused by NDM-1-harbouring organisms. A. baumannii (72%) was the predominant species followed by A. calcoaceticus (10%), A. lwoffii (6%), 13TU (3%), A. junni (3%), 15TU (3%), A. haemolyticus (2%) and 14TU (2%). Fifty six percent of the isolates were meropenem-resistant. Oxacillinases present were OXA-23-like, OXA-58-like and OXA-51-like, predominately in A. baumannii. NDM-1 was the dominant MBL (22%) across different Acinetobacter spp. Isolates harbouring NDM-1 also possessed bla(VIM-2, PER-1, VEB-2, CTX-M-15), armA, aac(6’)Ib, aac(6’)Ib-cr genes. blaNDM-1 was organised in a composite transposon between two copies of ISAba125 in the isolates irrespective of the species. Further, OXA-23-like gene and OXA-58-like genes were linked with ISAba1 and ISAba3 respectively. Isolates were clonally diverse. Integrons were variable in sequence but not associated with carbapenem resistance. Most commonly found genes in the 5’ and 3’conserved segment were aminoglycoside resistance genes (aadB, aadA2, aac4’), non-enzymatic chloramphenicol resistance gene (cmlA1g) and ADP-ribosylation genes (arr2, arr3). Outborn neonates had a significantly higher incidence of sepsis due to NDM-1 harbouring isolates than their inborn counterparts. This study demonstrates the significance of both A. baumannii and other species of Acinetobacter in cases of neonatal sepsis over an extended period. Oxacillinases and NDM-1 are the major contributors to carbapenem resistant. The dissemination of the blaNDM-1 is likely linked to Tn125 in diverse clones of the isolates.
دُرست محددات مقاومة الكاربابينيم والبنية الوراثية المحيطة بها في أنواع الراكدة (*.Acinetobacter spp*) المعزولة من حالات إنتان حديثي الولادة التي جُمعت على مدى سبع سنوات في أحد مستشفيات الرعاية الثالثية. حُددت أنواع الراكدة (*.Acinetobacter spp*) (العدد = 68) باستخدام تقنية ARDRA متبوعة باختبارات الحساسية للمضادات الحيوية. وكُشف عن إنزيمات الأوكساسيلينيز (Oxacillinases)، وبيتا لاكتاماز الفلزية (MBLs)، وبيتا لاكتاماز واسعة الطيف (ESBLs)، وإنزيمات AmpC مظهرياً و/أو بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) متبوعاً بتحديد التسلسل الجيني. كما خضعت النواتج الاقترانية الحاملة لجين *bla*NDM-1 (إنزيم نيودلهي بيتا لاكتاماز الفلزي) لمزيد من التحليل للتحري عن البلازميدات، والإنترونات (integrons)، والجينات المرتبطة بها. ودُرست البيئة الوراثية لإنزيمات الكاربابينيميز عن طريق تخطيط الـ PCR وتحديد التسلسل. واستُخدم الانحدار اللوجستي متعدد المتغيرات لتحديد عوامل الخطر للإصابة بالإنتان الناجم عن الكائنات الحاملة لـ NDM-1. كانت الراكدة البومانية (*A. baumannii*) النوع السائد بنسبة (72%)، تلتها الراكدة الخلّية (*A. calcoaceticus*) بنسبة (10%)، والراكدة اللوفية (*A. lwoffii*) بنسبة (6%)، و13TU بنسبة (3%)، والراكدة الجونية (*A. junii*) بنسبة (3%)، و15TU بنسبة (3%)، والراكدة الحالة للدم (*A. haemolyticus*) بنسبة (2%)، و14TU بنسبة (2%). وكانت 56% من العزلات مقاومة للميروبينيم. وتمثلت إنزيمات الأوكساسيلينيز الموجودة في الأنماط الشبيهة بـ OXA-23، والشبيهة بـ OXA-58، والشبيهة بـ OXA-51، وبشكل رئيسي في *A. baumannii*. وكان NDM-1 هو إنزيم MBL السائد (22%) عبر مختلف أنواع الراكدة (*.Acinetobacter spp*). كما امتلكت العزلات الحاملة لـ NDM-1 جينات *bla*(VIM-2, PER-1, VEB-2, CTX-M-15) و*armA* و*aac(6')Ib* و*aac(6')Ib-cr*. وانتظم جين *bla*NDM-1 داخل ينقولة مركبة (composite transposon) بين نسختين من التسلسل الانغراسي ISAba125 في جميع العزلات بصرف النظر عن نوعها. بالإضافة إلى ذلك، ارتبط الجين الشبيه بـ OXA-23 والجينات الشبيهة بـ OXA-58 بالتسلسلين ISAba1 وISAba3 على التوالي. أظهرت العزلات تنوعاً نَسِيلياً (clonally diverse). وكانت الإنترونات متغيرة في تسلسلها لكنها لم تكن مرتبطة بمقاومة الكاربابينيم. وكانت الجينات الأكثر شيوعاً في الجزأين المحفوظين '5 و'3 هي جينات مقاومة الأمينوغليكوزيدات (*aadB* و*aadA2* و*aac4'*‎)، وجين المقاومة غير الإنزيمية للكلورامفينيكول (*cmlA1g*)، وجينات ناقلة ريبوزيل ADP ‏(*arr2* و*arr3*). وسجل حديثو الولادة المولودون خارج المستشفى معدل حدوث أعلى دلالةً إحصائياً للإصابة بالإنتان الناجم عن العزلات الحاملة لـ NDM-1 مقارنة بنظرائهم المولودين داخل المستشفى. تُبرهن هذه الدراسة على الأهمية السريرية لكل من *A. baumannii* والأنواع الأخرى من الراكدة في حالات إنتان حديثي الولادة على مدى فترة زمنية ممتدة. وتُعد إنزيمات الأوكساسيلينيز وNDM-1 المساهمين الرئيسيين في مقاومة الكاربابينيم، ويُرجح أن انتشار جين *bla*NDM-1 مرتبط بالينقولة Tn125 عبر نسائل
Reference Key
chatterjee2016frontierscarbapenem Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors ;Somdatta Chatterjee;Saswati Dutta;Subhasree Roy;Lavanya Ramanan;Anindya Saha;Rajlakshmi Viswanathan;Tapas Som;Sulagna Basu
Journal journal of magnetic resonance (san diego, calif : 1997)
Year 2016
DOI
10.3389/fmicb.2016.01126
URL
http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fmicb.2016.01126/full
Keywords
Microbiology india ndm-1 neonatal sepsis

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.