characterization of a male reproductive transcriptome for peromyscus eremicus (cactus mouse)

توصيف الترانسكربتوم التناسلي الذكري لـ *Peromyscus eremicus* (فأر الصبار)

Clicks: 216
ID: 166325
2016
Free PDF
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Steady

Ranked #490 of 581 articles by views in pediatrics

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 581 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Rodents of the genus Peromyscus have become increasingly utilized models for investigations into adaptive biology. This genus is particularly powerful for research linking genetics with adaptive physiology or behaviors, and recent research has capitalized on the unique opportunities afforded by the ecological diversity of these rodents. Well characterized genomic and transcriptomic data is intrinsic to explorations of the genetic architecture responsible for ecological adaptations. Therefore, this study characterizes the transcriptome of three male reproductive tissues (testes, epididymis and vas deferens) of Peromyscus eremicus (Cactus mouse), a desert specialist. The transcriptome assembly process was optimized in order to produce a high quality and substantially complete annotated transcriptome. This composite transcriptome was generated to characterize the expressed transcripts in the male reproductive tract of P. eremicus, which will serve as a crucial resource for future research investigating our hypothesis that the male Cactus mouse possesses an adaptive reproductive phenotype to mitigate water-loss from ejaculate. This study reports genes under positive selection in the male Cactus mouse reproductive transcriptome relative to transcriptomes from Peromyscus maniculatus (deer mouse) and Mus musculus. Thus, this study expands upon existing genetic research in this species, and we provide a high quality transcriptome to enable further explorations of our proposed hypothesis for male Cactus mouse reproductive adaptations to minimize seminal fluid loss.
باتت القوارض من جنس بيروميسكوس (*Peromyscus*) نماذج مستخدمة على نحو متزايد في دراسات علم الأحياء التكيفي؛ إذ يكتسب هذا الجنس أهمية خاصة في الأبحاث التي تربط علم الوراثة بالفسيولوجيا التكيفية أو السلوكيات، كما استفادت الدراسات الحديثة من الفرص الفريدة التي يتيحها التنوع البيئي لهذه القوارض. وتُعد البيانات الجينومية والترانسكريبتومية الموصوفة بدقة ركيزة جوهرية لاستكشاف البنية الوراثية المسؤولة عن التكيفات البيئية. بناءً على ذلك، تُقدّم هذه الدراسة توصيفاً للترانسكريبتوم الخاص بثلاثة أنسجة تناسلية ذكرية (الخصيتان، والبربخ، والأسهر) لفأر الصبار (*Peromyscus eremicus*)، وهو نوع متخصص في البيئات الصحراوية. وقد تم تحسين عملية تجميع الترانسكريبتوم لإنتاج ترانسكريبتوم عالي الجودة ومكتمل ومُعلَّم إلى حد كبير. كما أُنتج هذا الترانسكريبتوم المركّب لتوصيف النواسخ المُعبَّر عنها في الجهاز التناسلي الذكري لـ *P. eremicus*، ليكون مورداً حيوياً للأبحاث المستقبلية التي تختبر فرضيتنا القائلة بأن ذكر فأر الصبار يمتلك نمطاً ظاهرياً تكاثرياً تكيفياً يحد من فقدان الماء عبر القذف. وتكشف هذه الدراسة عن جينات خاضعة للانتخاب الإيجابي في الترانسكريبتوم التناسلي لذكر فأر الصبار مقارنةً بالترانسكريبتومات الخاصة بفأر الأيل (*Peromyscus maniculatus*) وفأر المنازل (*Mus musculus*). وبذلك، تُوسّع هذه الدراسة نطاق الأبحاث الجينية القائمة حول هذا النوع، ونُقدّم ترانسكريبتوماً عالي الجودة يُتيح مزيداً من الاستكشاف لفرضيتنا المقترحة بشأن التكيفات التناسلية لذكر فأر الصبار لتقليل فقدان السائل المنوي.
Reference Key
kordonowy2016peerjcharacterization Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Lauren L. Kordonowy, Matthew D. MacManes
Are you one of these authors? Claim your profile
Journal pediatrics
Year 2016
DOI
10.7717/peerj.2617
URL
https://peerj.com/articles/2617/
Keywords
genomics adaptation transcriptome bioinformatics

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.