effects of physiochemical factors on prokaryotic biodiversity in malaysian circumneutral hot springs

تأثيرات العوامل الفيزيوكيميائية على التنوع الحيوي لبدائيات النوى في الينابيع الحارة الماليزية شبه المتعادلة

Clicks: 310
ID: 154031
2017
Free PDF
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Steady

Ranked #450 of 875 articles by views in journal of magnetic resonance (san diego, calif : 1997)

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 875 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Malaysia has a great number of hot springs, especially along the flank of the Banjaran Titiwangsa mountain range. Biological studies of the Malaysian hot springs are rare because of the lack of comprehensive information on their microbial communities. In this study, we report a cultivation-independent census to describe microbial communities in six hot springs. The Ulu Slim (US), Sungai Klah (SK), Dusun Tua (DT), Sungai Serai (SS), Semenyih (SE), and Ayer Hangat (AH) hot springs exhibit circumneutral pH with temperatures ranging from 43°C to 90°C. Genomic DNA was extracted from environmental samples and the V3–V4 hypervariable regions of 16S rRNA genes were amplified, sequenced, and analyzed. High-throughput sequencing analysis showed that microbial richness was high in all samples as indicated by the detection of 6,334–26,244 operational taxonomy units. In total, 59, 61, 72, 73, 65, and 52 bacterial phyla were identified in the US, SK, DT, SS, SE, and AH hot springs, respectively. Generally, Firmicutes and Proteobacteria dominated the bacterial communities in all hot springs. Archaeal communities mainly consisted of Crenarchaeota, Euryarchaeota, and Parvarchaeota. In beta diversity analysis, the hot spring microbial memberships were clustered primarily on the basis of temperature and salinity. Canonical correlation analysis to assess the relationship between the microbial communities and physicochemical variables revealed that diversity patterns were best explained by a combination of physicochemical variables, rather than by individual abiotic variables such as temperature and salinity.
تضم ماليزيا عدداً كبيراً من الينابيع الحارة، لا سيما على طول سفوح سلسلة جبال بانجاران تيتيوانغسا. وتعدّ الدراسات البيولوجية للينابيع الحارة الماليزية نادرة؛ نظراً لنقص المعلومات الشاملة حول مجتمعاتها الميكروبية. نقدّم في هذه الدراسة إحصاءً غير معتمد على الاستنبات لوصف المجتمعات الميكروبية في ستة ينابيع حارة. تُظهر ينابيع أولو سليم (US)، وسونغاي كلاه (SK)، ودوسون توا (DT)، وسونغاي سيراي (SS)، وسيمينيه (SE)، وأير هانغات (AH) درجة حموضة (pH) شبه محايدة، مع درجات حرارة تتراوح بين 43 و90 درجة مئوية. استُخلص الحمض النووي الجينومي من عينات بيئية، وتَمّ تضخيم المناطق شديدة التغير V3–V4 من جينات 16S rRNA، وتحديد تسلسلاتها، وتحليلها. أظهر تحليل التسلسل عالي الإنتاجية أن الثراء الميكروبي كان مرتفعاً في جميع العينات، كما يتضح من رصد 6,334 إلى 26,244 وحدة تصنيفية عملياتية. وإجمالاً، تم تحديد 59، و61، و72، و73، و65، و52 شعبة بكتيرية في ينابيع US، وSK، وDT، وSS، وSE، وAH على التوالي. وبشكل عام، سيطرت شعبتا متينات الجدار (Firmicutes) والبروتيوباكتيريا (Proteobacteria) على المجتمعات البكتيرية في جميع الينابيع الحارة. بينما تألفت مجتمعات العتائق أساساً من الكريناركيوتا (Crenarchaeota)، واليورياركيوتا (Euryarchaeota)، والبارفاركيوتا (Parvarchaeota). وفي تحليل التنوع بيتا (Beta diversity)، تجمعت المكونات الميكروبية للينابيع الحارة عنقودياً بالدرجة الأولى بناءً على درجة الحرارة والملوحة. وكشف تحليل الارتباط القانوني المُجرى لتقييم العلاقة بين المجتمعات الميكروبية والمتغيرات الفيزيوكيميائية أن أنماط التنوع تُفَسَّر على أفضل وجه بمزيج من المتغيرات الفيزيوكيميائية، بدلاً من المتغيرات اللاأحيائية الفردية كدرجة الحرارة والملوحة.
Reference Key
chan2017frontierseffects Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Chia S. Chan, Kok-Gan Chan, Robson Ee, Kar-Wai Hong, María S. Urbieta, Edgardo R. Donati, Mohd S. Shamsir, Kian M. Goh
Are you one of these authors? Claim your profile
Journal journal of magnetic resonance (san diego, calif : 1997)
Year 2017
DOI
10.3389/fmicb.2017.01252
URL
http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2017.01252/full
Keywords
microbial community 16s rrna amplicon sequencing

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.