targeting the protein tunnels of the urease accessory complex: a theoretical investigation

استهداف الأنفاق البروتينية للمعقد المساعد لليورياز: دراسة نظرية

靶向脲酶辅助复合物蛋白质通道：一项理论研究

Clicks: 295
ID: 136615
2020
Free PDF
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Emerging

Ranked #481 of 1,185 articles by views in Journal of ethnopharmacology

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 1,185 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Urease is a nickel-containing enzyme that is essential for the survival of several and often deadly pathogenic bacterial strains, including Helicobacter pylori. Notwithstanding several attempts, the development of direct urease inhibitors without side effects for the human host remains, to date, elusive. The recently solved X-ray structure of the HpUreDFG accessory complex involved in the activation of urease opens new perspectives for structure-based drug discovery. In particular, the quaternary assembly and the presence of internal tunnels for nickel translocation offer an intriguing possibility to target the HpUreDFG complex in the search of indirect urease inhibitors. In this work, we adopted a theoretical framework to investigate such a hypothesis. Specifically, we searched for putative binding sites located at the protein–protein interfaces on the HpUreDFG complex, and we challenged their druggability through structure-based virtual screening. We show that, by virtue of the presence of tunnels, some protein–protein interfaces on the HpUreDFG complex are intrinsically well suited for hosting small molecules, and, as such, they possess good potential for future drug design endeavors.
يُعدّ اليورييز إنزيمًا حاويًا على النيكل، وهو أساسي لبقاء العديد من السلالات البكتيرية الممرضة والفتاكة في كثير من الأحيان، بما في ذلك Helicobacter pylori. وعلى الرغم من المحاولات العديدة، لا يزال تطوير مثبطات مباشرة لليورييز دون التسبب في آثار جانبية للعائل البشري أمرًا بعيد المنال حتى الآن. تفتح البنية المحددة حديثًا بالأشعة السينية للمعقد الإضافي HpUreDFG، المشارك في تنشيط اليورييز، آفاقًا جديدة لاكتشاف الأدوية القائم على البنية ثلاثية الأبعاد. وبوجه خاص، يتيح التجمع الرباعي ووجود أنفاق داخلية لنقل النيكل إمكانية واعدة لاستهداف معقد HpUreDFG في سياق البحث عن مثبطات غير مباشرة لليورييز. اعتمدنا في هذا العمل إطارًا نظريًا للتحقق من صحة هذه الفرضية؛ إذ بحثنا على وجه التحديد عن مواقع ارتباط مفترضة تقع عند الواجهات البينية بروتين-بروتين في معقد HpUreDFG، واختبرنا قابليتها للاستهداف الدوائي عبر الفحص الافتراضي القائم على البنية. وتُظهر نتائجنا أنه بفضل وجود الأنفاق، تتميز بعض الواجهات البينية بروتين-بروتين في معقد HpUreDFG بملائمة جوهرية لاستضافة جزيئات صغيرة، وبذلك فإنها تمتلك إمكانات جيدة لجهود تصميم الأدوية في المستقبل.
Reference Key
masetti2020moleculestargeting Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors ;Matteo Masetti;Federico Falchi;Dario Gioia;Maurizio Recanatini;Stefano Ciurli;Francesco Musiani
Journal Journal of ethnopharmacology
Year 2020
DOI
10.3390/molecules25122911
URL
https://www.mdpi.com/1420-3049/25/12/2911
Keywords
urease virtual screening

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.