Immuno-MALDI MS dataset for improved detection of HCVcoreAg in sera

مجموعة بيانات مطيافية الكتلة المناعية (Immuno-MALDI MS) لتحسين الكشف عن مستضد لب فيروس التهاب الكبد C في الأمصال

Clicks: 291
ID: 106985
2019
Free PDF
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Steady

Ranked #80 of 180 articles by views in Data in brief

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale. Only the 120 most-read articles are drawn; the journal has 180 in total.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Complicated and large-scale challenge the contemporary biomedical community faces are development of highly-sensitive analytical methods for detection of protein markers associated with development of pathogenic mechanisms [2]. The atomic force microscopy (AFM) method in combination with specific fishing is unique among other analytical protein detection approaches; it allows visualization and counting of single protein molecules [3–6]. The present dataset focus on mass spectrometry method for detection of human hepatitis C virus core antigen (HCV core Ag) taking into account the potential modification with cations in blood serum samples, using mica chips for the atomic force microscopy (AFM-chips). To conduct specific protein fishing, we used flat AFM-chips preliminary sensibilized with molecular probes – aptamers, which are single-stranded DNA sequences. In our study we used four types of aptamers up to 85 nucleotides specific against the target protein – HCVcoreAg [3,4]. Working (n = 19) and control (n = 11) AFM-chips with aptamers were preliminarily immobilized on the surface in four zones and incubated in blood serum samples (See Supplementary fig. 1). Analysis of MS data regarding modification of marker protein peptides with Na+, K+, K2Cl+, and Na2Cl + ions enables to enhance the reliability of target proteins detection in the serum thereby demonstrating a high diagnostic potential. Keywords: HCVcoreAg, Aptamer, Atomic force microscopy, Mass spectrometry, Biospecific fishing, MALDI-MS
تُمثّل عملية تطوير طرق تحليلية عالية الحساسية للكشف عن المؤشرات الحيوية البروتينية المرتبطة بنشوء الآليات الإمراضية تحدياً معقداً وواسع النطاق يواجهه المجتمع الطبي الحيوي المعاصر [2]. وتعد طريقة مجهر القوة الذرية (AFM) المقترنة بالاصطياد النوعي (specific fishing) فريدة من نوعها بين مناهج الكشف التحليلي الأخرى عن البروتينات؛ إذ تتيح تصوير جزيئات البروتين المفردة وتعدادها [3–6]. تُركز مجموعة البيانات الحالية على طريقة قياس الطيف الكتلي للكشف عن المستضد اللبي لفيروس التهاب الكبد الوبائي C البشري (HCV core Ag) مع الأخذ في الاعتبار التعديل المحتمل بالكاتيونات في عينات مصل الدم، وذلك باستخدام رقائق الميكا المخصصة لمجهر القوة الذرية (رقائق AFM). ولإجراء الاصطياد النوعي للبروتين، استخدمنا رقائق AFM مسطحة حُسِّست مسبقاً بمجسات جزيئية - وهي أبتامرات تتألف من تسلسلات دنا (DNA) أحادية السلسلة. وقد استخدمنا في دراستنا أربعة أنواع من الأبتامرات يصل طولها إلى 85 نيوكليوتيداً وتتسم بنوعيتها ضد البروتين المستهدف – HCVcoreAg [3,4]. جرى تثبيت رقائق AFM العاملة (العدد = 19) والضابطة (العدد = 11) الحاملة للأبتامرات مسبقاً على السطح في أربع مناطق وحُضنت في عينات مصل الدم (انظر الشكل التكميلي 1). إن تحليل بيانات قياس الطيف الكتلي (MS) المتعلقة بتعديل ببتيدات البروتين المؤشر بأيونات +Na و+K و+K2Cl و+Na2Cl يُسهم في تعزيز موثوقية الكشف عن البروتينات المستهدفة في المصل، مما يُظهر قدرة تشخيصية عالية. الكلمات المفتاحية: HCVcoreAg، أبتامر، مجهر القوة الذرية، قياس الطيف الكتلي، الاصطياد الحيوي النوعي، MALDI-MS.
Reference Key
kaysheva2019immunomaldidata Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Kaysheva, Anna L.;Pleshakova, Tatyana O.;Stepanov, Alexander A.;Ziborov, Vadim S.;Saravanabhavan, Shanmuga S.;Natesan, Balasubramanian;Archakov, Alexander I.;Ivanov, Yurii D.;
Journal Data in brief
Year 2019
DOI
DOI not found
URL
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352340919305943
Keywords
chemistry Organic Chemistry Biology (General) Botany Medicine Biotechnology Computer applications to medicine. Medical informatics Science (General) Science fuel plant culture genetics cytology animal biochemistry

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.