Genomic analysis of a hop-resistance Lactobacillus brevis strain responsible for food spoilage and capable of entering into the VBNC state.

التحليل الجينومي لسلالة من بكتيريا *Lactobacillus brevis* مقاومة للجنجل مسؤولة عن فساد الأغذية وقادرة على الدخول في حالة البقاء على قيد الحياة غير القابلة للاستزراع (VBNC).

Clicks: 241
ID: 103310
2020
Article Quality & Performance Metrics
Overall Quality
Not rated
Combines reader engagement with the AI quality analysis. This article has not been analysed, so there is no overall score — reader engagement is measured and shown alongside.
AI Quality Assessment
Not analyzed
Readership in this journal
Emerging

Ranked #41 of 80 articles by views in Microbial pathogenesis

Most read Least read

Bar heights use a square-root scale.

Mint this article as an NFT
Not yet minted

Create a permanent, verifiable on-chain record of this article on the Scimatic Network. The NFT is held in your Journament account, and you can withdraw it to your own wallet at any time.

5 SUSD one-off · no wallet required
Sign in to mint
Abstract
Lactobacillus brevis is a major contaminant of spoiled beer. And it was able to enter VBNC state and cause false negative detection, which poses a major challenge to the brewing industry.The genomic DNA of L. brevis BM-LB13908 was extracted and purified to form a sequencing library that meets the quality requirements and was sequenced. The sequencing results were then screened and assembled to obtain the entire genome sequence of L. brevis. Predicted genes were annotated by GO database, KEGG pathway database and COG functional classification system.The final assembly yielded 275 scaffolds of a total length of 2 840 080 bp with a G+C content of 53.35%. There were 2357, 701, 1519 predicted genes with corresponding GO functional, COG functional, and KEGG biological pathway annotations, respectively. The genome of L. brevis BM-LB13908 contains hop resistance gene horA and multiple genes related to the formation of VBNC state.This report describes the draft genome sequence of L. brevis BM-LB13908, a spoilage strain isolated from finished beer sample. This study may support further study on L. brevis and other beer spoilage bacteria, and prevent and control beer spoilage caused by microorganisms.
تُعد بكتيريا الملبنة القصيرة (*Lactobacillus brevis*) ملوثًا رئيسيًا للجعة الفاسدة؛ حيث تتمتع بالقدرة على الدخول في حالة "قابلة للحياة ولكن غير قابلة للاستنبات" (VBNC) والتسبب في نتائج سلبية كاذبة أثناء الكشف، مما يفرض تحديًا كبيرًا على صناعة تخمير الجعة. استُخلص الحمض النووي الجينومي لسلالة *L. brevis* BM-LB13908 ونُقِّي لتكوين مكتبة تسلسل تستوفي متطلبات الجودة وخضعت للتسلسل الجيني. بعد ذلك، غُربلت نتائج التسلسل وجُمّعت للحصول على تسلسل الجينوم الكامل لبكتيريا *L. brevis*. كما جرى التوصيف الوظيفي للجينات المتوقعة باستخدام قاعدة بيانات علم الوجود الجيني (GO)، وقاعدة بيانات مسارات (KEGG)، ونظام التصنيف الوظيفي لمجموعات الجينات المتماثلة (COG). أسفر التجميع النهائي عن 275 سقالة (scaffolds) بطول إجمالي قدره 2,840,080 زوج قواعد (bp) وبنسبة محتوى غوانين-سايتوسين (G+C) بلغت 53.35%. وتبيّن وجود 2357 و701 و1519 جينًا متوقعًا مقترنةً بالتوصيفات الوظيفية المقابلة في GO، وCOG، والمسارات الحيوية لـ KEGG، على التوالي. ويحتوي جينوم السلالة *L. brevis* BM-LB13908 على جين مقاومة الجنجل *horA* وجينات متعددة مرتبطة بالتحول إلى حالة VBNC. يصف هذا التقرير مسودة تسلسل الجينوم لسلالة *L. brevis* BM-LB13908، وهي سلالة مفسدة عُزلت من عينة جعة نهائية. ومن شأن هذه الدراسة أن تدعم إجراء مزيد من البحوث حول *L. brevis* وبكتيريا فساد الجعة الأخرى، والمساهمة في الوقاية من فساد الجعة الناجم عن الكائنات الحية الدقيقة ومكافحته.
Reference Key
xu2020genomicmicrobial Use this key to autocite in the manuscript while using SciMatic Manuscript Manager or Thesis Manager
Authors Xu, Zhenbo;Xu, Ruirui;Soteyome, Thanapop;Deng, Yang;Chen, Ling;Liang, Yi;Bai, Caiying;Huang, Tengyi;Liu, Junyan;Harro, Janette M;Kjellerup, Birthe V;
Journal Microbial pathogenesis
Year 2020
DOI
S0882-4010(20)30473-3
URL
Keywords
l. brevis vbnc beer-spoilage genomic sequencing hop resistance

Citations

No citations found. To add a citation, contact the admin at info@scimatic.org

Comments

No comments yet. Be the first to comment on this article.